В отдалённом будущем большая часть человечества уничтожена внеземными существами, именуемыми «Фестум». Выжившие ведут жестокую борьбу с пришельцами, стремящимися объединить всё живое в единую сущность.
Однако в таком мире существует и спокойный уголок — используя особые укрытия, жители острова Тацумия пытаются обеспечить своим детям беззаботное взросление. Но однажды и эта защита пала, после чего на войну с Фестумами вышли сами дети, которых долгие эксперименты с генной инженерией сделали главной надеждой людей — только они способны управлять огромными боевыми машинами Фафнирами.

В основу сюжета легла философская идея: «Можно ли добиться блага для одних людей путём убийства других?». Автор придумал оригинальную историю, в которой отражается суть того, что бы могло быть с миром, если бы человек мог безнаказанно убивать одних людей, чтобы сделать лучше жизнь других. Автор рассматривает реакцию как самого убийцы, его мотивы и желания, так и реакцию общества на действия убийцы. Но также автор подчёркивает то, что если ты человек и желаешь всему миру блага — всегда найдётся тот, кто захочет тебе помешать. Но это лишь первый, наиболее заметный слой сюжета. Куда глубже и важнее является другая мысль - о властолюбии, которое вытесняет из сознания главного героя все остальные стремления, включая изначально важную для него справедливость.
Альтернативная концовка сериала Death Note, двухчасовой длины. События показаны глазами Рюка, добавлено несколько сцен, отсутствует содержание последних 13 серий.